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| Description | Exercices pour le Module2 du HPC Admin |
|---|---|
| Cours liés | Module2 HPC Admin |
| Auteur | Ndomassi TANDO (ndomassi.tando@ird.fr) |
| Date de création | 27/09/2019 |
| Date de modification | 27/09/2019 |
Summary
- Exercice 1: Installation et configuration de Singularity
- Exercice 2: Créer des conteneurs singularity
- Exercice 3: Création de modulefiles à base de conteneurs singularity
- Exercice 4: Utilisation de Slurm
- Links
- License
Exercice 1: Installation et configuration de Singularity
Installer singularity sur le cluster et sur les VMs
Exercice 2: Créer des conteneurs singularity
Créer les conteneurs singularity des logiciels suivants:
- atropos 1.1.14
- flash 1.2.11
- cutadapt 1.2.1
- spades 3.13.0
- uclust 1.2.22
- pear 0.9.11
- hisat2 2.0.0
- bedtools 2.26.0
Exercice 3: Création de modulefiles à base de conteneurs singularity
Créer les modulefiles faisant appel aux conteneurs singularity suivants:
- atropos 1.1.14
- flash 1.2.11
- cutadapt 1.2.1
- spades 3.13.0
- uclust 1.2.22
- pear 0.9.11
- hisat2 2.0.0
- bedtools 2.26.0
Exercice 4: Utilisation de Slurm
Créer une partition short dans slurm avec une time limit de 1 jour.
Créer un script se lançant sur la partition short avec 2 coeurs qui copie le répertoire tp-cluster dans le /tmp de node0
Puis lancer la commande:
$ blastn -db All-EST-coffea.fasta -query sequence-NMT.fasta -out blastn.outet récupérer le fichier blastn.out dans son /home
Links
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